อำเภอนาบอน ปรากฏตามทำเนียบข้าราชการเมืองนครศรีธรรมราช ครั้งรัชกาลที่ 2 ว่า ในแผ่นดิน พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ เคยเป็นแขวงหรือที่เรียกกันว่า “ที่นาบอน” มีนายที่ชื่อ ขุนโจมธานี  รองนายที่ชื่อ ขุนศักดิ์ “ที่ทุ่งสง” มีนายที่ชื่อ หมื่นอำเภอ ซึ่งอยู่ในความปกครองของเมืองนครศรีธรรมราช ครั้นต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2440 ได้มีการจัดการปกครองแผนใหม่ แขวงนาบอน และ แขวงทุ่งสง ได้ตั้งขึ้นเป็นตำบลนาบอน และตำบลทุ่งสง ซึ่งอยู่ในเขตการปกครองของ อ.ทุ่งสง จ.นครศรีธรรมราช จนกระทั่งวันที่ 9 มิถุนายน 2518 จึงได้รวมพื้นที่ ของตำบลนาบอน และตำบลทุ่งสง รวม 2 ตำบล ตั้งเป็นกิ่งอำเภอ เรียกชื่อว่า “กิ่งอำเภอนาบอน” ขึ้นอยู่ ในเขตการปกครองของอำเภอทุ่งสง จังหวัดนครศรีธรรมราช ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 19 พฤษภาคม 2518 ขณะนั้นยังมิได้ก่อสร้างที่ว่าการอำเภอได้อาศัยเรือนแถว บ้านเลขที่ 210-211 หมู่ที่ 2 ตำบลนาบอน ของนายยศ พันธุ์พิพัฒน์ ใช้เป็นที่ทำการชั่วคราวได้มีพิธีเปิดเมื่อวันที่ 13 มิถุนายน 2518 ต่อมาเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2520 ได้เกิดเพลิงไหม้ที่ว่าการกิ่งอำเภอชั่วคราว จึงได้ย้ายที่ว่าการกิ่งอำเภอชั่วคราวไปอาศัยทำงานที่โรงเรียนสหมิตรบำรุง (โรงเรียนเอกชน) ในหมู่บ้านเดียวกัน ตั้งแต่วันที่ 20 พฤษภาคม 2520 เป็นต้นมา จนกระทั่งปีงบประมาณ 2521 กระทรวงมหาดไทยได้อนุมัติงบประมาณให้ทำการก่อสร้างที่ว่าการอำเภอ 1 หลัง บ้านพักข้าราชการปกครอง 3 หลังเป็นเงิน 1,011,500 บาท ได้ดำเนินการก่อสร้างในที่ดิน ซึ่ง นายบุญทอง สันติกาญจน์ อุทิศให้เนื้อที่ 25ไร่ คิดเป็น เงินประมาณ 375,000 บาท ตั้งอยู่ในหมู่ที่ 2 ตำบลนาบอนได้ทำการก่อสร้างโดย บริษัท มิตรไทย จำกัด เป็นผู้รับจ้างก่อสร้างและได้ดำเนินการสร้างแล้วเสร็จในเดือน ตุลาคม 2522 จึงได้ย้ายที่ทำการกิ่งอำเภอมาทำงานที่อำเภอถาวร เมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน 2522 อำเภอนาบอนได้เกิดเพลิงไหม้ขึ้นอีกครั้ง เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน 2525 จากความไม่สงบโดยผู้ก่อการร้ายคอมมิวนิสต์ ยกกำลังเข้าโจมตี และเผาที่ว่าการอำเภอเสียหายหมดทั้งหลัง ต่อจากนั้นกระทรวงมหาดไทยได้อนุมัติงบประมาณให้สร้างที่ว่าการอำเภอหลังใหม่ ซึ่งเป็นที่ทำการอยู่ในปัจจุบันนี้ กิ่งอำเภอนาบอนได้ยกฐานะเป็นอำเภอตามพระราชกฤษฎีกา ตั้งอำเภอนาบอน พ.ศ. 2524 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ที่ 98 ตอนที่ 115 ลงวันที่ 13 กรกฎาคม 2524  สำนักงานสาธารณสุขอำเภอนาบอน ได้เริ่มเปิดทำการเป็นส่วนราชการระดับอำเภอดังการบริหารราชการส่วนภูมิภาคข้างต้น โดยตั้งสำนักงานรวมกับที่ว่าการอำเภอ ต่อมาเมื่อมีการก่อสร้างโรงพยาบาลนาบอนแล้วเสร็จจึงได้ยุบการดำเนินงานสถานีอนามัยนาบอนสำนักงานสาธารณสุขอำเภอจึงได้ย้ายสำนักงานไปตั้งอยู่ ณ อาคารสถานีอนามัยนาบอน และได้รับอนุมัติงบประมาณก่อสร้างอาคารสำนักงานหลังใหม่เมื่อปีงบประมาณ 2541 ดำเนินงานสนับสนุนด้านบริหารและบริการสาธารณสุขของอำเภอนาบอนจนถึงปัจจุบัน